Biologie structurale, génomique Biochimie structurale (BS)

[21-22]- M2 - SBGCU02L - Dynamique fonctionnelle - (Jean-pierre Duneau)

Dynamique des réseaux d'intéractions moléculaires
    - Approches biochimiques
    - Co-évolutions et approches théoriques

Dynamique enzymatique
    - Réaction à 2 substrats (enz. Formelle)
    - Etat prestationnaire (Stop flow et temp. Jump, relaxation cinétique)
    - Effets isotopiques (y compris mécanismes)
    - Régulation

Dynamique et thermodynamique
    - FRAP, FCS
    - EPR et marquage de spin
    - Protéines Intrinséquement Désordonnées
 
Simulations
    - Relation structure-dynamique fonction
    - Champs de forces
    - Principes et mise en œuvre
    - TP  de simulation de dynamique moléculaire

[21-22]-M2 - Dynamique fonctionnelle - Lab Immersion

Le projet LabImmersion fait partie de l'UE dynamique fonctionnelle. Il correspond à l'immersion des étudiants de M2BS dans les laboratoire de l'IMM (LISM et BIP) avec un accès à la plateforme de RPE d'Aix Marseille du BIP. L'idée est de mettre les étudiants de master en conditions réelles de travail dans les laboratoires de recherche d'AMU.

[20-21]-M1-S2-BSG - SBGBU05L - Assemblages Macro-Moléculaires (P. Maldonado Coutinho)

Assemblages Macro-Moléculaires

Ce cours a comme objectif la présentation des aspects structuraux spécifiques aux assemblages macromoléculaires et aux demarches expérimentales pour les caracteriser. Le cours décrit des aspects pertinants de la structure des assemblages tels que la morphoologie, la stabilité relative des assemblages, les cracteristiques des surfaces d'interaction entre monomères, les relations de symmétrie, etc. Au dela d'un rappel sur les démarches de biologie structurale sous-jacentes, le cours fait la présentation de différents assemblages de reférence, qui permettent d'illustrer la diversité des interactions et l'illustration de caracteristiques communement trouvées dans ces structures. Des interventions par des chercheurs et par les étudiants suivant le cours permettent d'aborder différentes thématiques structurales.

  1. Introduction
  2. Taille des Protein Protéines: Oligomerisation; Symmetrie; Propriétés de Surface
  3. Methodes d'Analyse Structurale; Comparaison Cristallographie+RMN+Microscope Electronique; Notion de Tomographie; Multiresolution
  4. Protéines Desordonnées (SL)
  5. Introduction Assemblages Viraux: Relations Structure-Fonction
  6. Cryo-Microscopie Electronique (ED+AG)
  7. Examples d'Assemblages: Clatherine; Dynamine; Cytoskelette; Moteurs; Etc
  8. Présentations d'Articles par les Etudiants

[20-21]-M1-S2-Modélisation et Dynamique moléculaires (J.P. Duneau)

Modélisation moléculaire - JP Duneau (6H cours-TD + 6H TP)

-Mécanique moléculaire et champs de forces

-Modélisation basée sur les connaissances

-Modélisations ab initio

Diffusion moléculaire et modélisation - A. Sergé (6H cours-TD)

Docking moléculaire et drug design - S. Betzi (6H cours-TD + 6H TP)

[20-21]-M1-S2-Biologie structurale-(Garron ML)

[20-21]- M2 - SBGCU02L - Dynamique fonctionnelle - (Jean-pierre Duneau)

Dynamique des réseaux d'intéractions moléculaires
    - Approches biochimiques
    - Co-évolutions et approches théoriques

Dynamique enzymatique
    - Réaction à 2 substrats (enz. Formelle)
    - Etat prestationnaire (Stop flow et temp. Jump, relaxation cinétique)
    - Effets isotopiques (y compris mécanismes)
    - Régulation

Dynamique et thermodynamique
    - FRAP, FCS
    - EPR et marquage de spin
    - Protéines Intrinséquement Désordonnées
 
Simulations
    - Relation structure-dynamique fonction
    - Champs de forces
    - Principes et mise en œuvre
    - TP  de simulation de dynamique moléculaire