Sciences de la vie Physiologie et génomique fonctionnelle

"Groupe" AMETICE, créé pour communiquer et échanger des informations avec tous les étudiants de la filière L3 PGF: Groupes de TD et TP et autres pour le second semestre S6 2018-2019.

G. Guiraudie-Capraz

Une pédagogique active via une plateforme web: http://annotathon.org/

L’idée consiste à proposer aux étudiants d'annoter des séquences issues de projets métagénomiques, en utilisant une plateforme web dédiée (Annotathon). Cette plateforme offre aux étudiants un canevas d'annotation sous forme de champs à renseigner, afin de répondre aux questions :

  • Le fragment d'ADN contient-elle une séquence codante ?
  • Quelle est la fonction potentielle du gène ?
  • Quelle est l'origine taxonomique de cette séquence ?


Les étudiants analysent des données réelles. L'utilisation des outils bioinformatiques comme ORFfinder, BLAST, Clustal/Muscle, InterproScan, reconstructions phylogénétiques, classification par Gene Ontology sont appris pendant les travaux pratiques à la place des cours ex cathedra. Les étudiants acquièrent la maîtrise de l'interprétation des résultats des analyses et la présentation scientifique de leurs analyses.