Les bases de la microbiologie seront enseignées concernant le métabolisme microbien, la génétique et la physiologie microbienne. Des notions plus précises concernant l’écologie microbienne seront également développées et notamment le  rôle des microorganismes dans le fonctionnement des écosystèmes : cycles biogéochimiques, interactions biotiques (symbioses, parasitisme, antagonismes microbiens, quorum sensing). Un dernier volet s’attachera à initier les étudiants aux biotechnologies environnementales à travers divers exemples précis (bioremédiations, valorisation des déchets...), qu'ils présenteront eux-même sous forme d'exposés.